Rouco ha tingut l'ocasió de referir-se explícitament i amb bones paraules a l'Església catalana quan, en el seu discurs com a president de la Conferència Episcopal Espanyola, ha parlat dels 50 anys del concili Vaticà II i de dos dels principals projectes pastorals de Benet XVI com són la Missió Metròpolis i l'Atri dels Gentils.

Ambdós plantejaments propicien el diàleg entre creients i agnòstics, fe i ciència, Església i món contemporani, i l'Església a Catalunya destaca en aquests esdeveniments.

L'església del país és l'única comunitat eclesial del món que ha celebrat un concili, el Tarraconense, per aplicar millor les directrius del Vaticà II. I l'arxidiòcesi de Barcelona és una de les poques del món que acull sessions i actuacions vinculades amb la Missió Metròpolis i l'Atri dels Gentils.
La causa de l'actitud de Rouco pot ser un afany de silenciar la dimensió aperturista i internacional de l'Església catalana
Rouco, en canvi, ha mencionat en el seu discurs dos fets d'origen marcadament espanyol com són el cinquè centenari del naixement de santa Teresa de Jesús i la propera proclamació de sant Joan d'Àvila com a doctor de l'Església.

Les causes de l'actitud de Rouco respecte a l'Església de Catalunya poden ser vàries: o un afany de silenciar la dimensió aperturista i internacional de l'Església catalana, malgrat la postura tancada d'alguns bisbes i d'alguns sectors eclesiàstics, o la voluntat que l'actuació eclesial catalana, majoritàriament conciliar i oberta, se li escapi del seu control centralista i del seu dur conservadorisme.

En qualsevol cas, l'arxidiòcesi de Barcelona es prepara per celebrar els propers dies 17 i 18 unes sessions de l'Atri dels Gentils. Els seus escenaris emblemàtics seran el Museu Nacional d'Art de Catalunya, l'Institut d'Estudis Catalans, la Universitat de Barcelona i la basílica de la Sagrada Família.